有内蒙古自治区中蒙药重点实验室、内蒙古自治区医学细胞生物学重点实验室，分子生物学研究中心、分子病理学实验室、人体组织胚胎学实验室和蒙医疗术学实验室6个自治区级重点实验室；有生物医学综合实验教学中心、形态学实验教学中心、药学基础实验教学中心、中蒙医临床模拟教学实验中心、护理实验教学中心、临床技能培训实验教学中心6个自治区级实验教学示范中心。内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在我校。学校紧密依托蒙医药学院和药学院的教学资源支撑、内蒙古国际蒙医医院的医疗资源支撑、内蒙古蒙医药博物馆的馆藏文献资源支撑、蒙药研究所和GLP实验室的科技创新平台支撑，全力打造蒙医药学科与专业特色，使该学科成为学校的优势特色学科，被自治区和国家中医药管理局评为重点学科，进一步巩固了学校该学科在世界范围内的领跑地位，2009年6月，蒙医药学被列为国家级非物质文化遗产项目。目前，国内仅有的2名该项目代表性传承人乌兰、阿古拉，均是我校的研究生导师。
